上海市新药设计重点实验室（Shanghai Key Laboratory of New Drug Design）, 依托华东理工大学药学院，以药学学科为基础，结合华东理工大学相关研究方向，进行优势学科整合，以提升创新药物基础科研创新能力为目标，围绕国家和上海市科技战略规划，开展创新药物基础及应用方面研究。于2011年11月由上海市科委批准建设，2013年10月通过验收。现届学术委员会主任为来鲁华教授，现任实验室主任为李洪林教授。

依据创新药物研究特点，重点实验室下设药物化学生物学方法、药物信息与设计方法、药物合成及优化方法三个研究方向。三个方向紧密联系，相互衔接，将发挥学科交叉的优势，形成重点实验室自身的鲜明特色和优势方向。

实验室现有固定研究人员45人，具有高级职称43人，研究人员均具有博士学位，45岁以下中青年人才占68%。近几年，实验室成员获得国家及省部级人才荣誉及奖励共20余人次，其中包括杰出青年基金获得者2人、科技部“中青年科技创新领军人才”3人、优秀青年基金获得者4人。实验室以研究组为基本单位，研究组之间既相互独立，又紧密合作，以项目为纽带组成一个高效的创新药物研究群体。

实验室综合利用现有实验条件进行优势资源整合，建立目标集中、调控有力、集成高效的研究体系，在此基础上逐步形成一些创新研究团队，并发展成多个研究方向和功能明确的特色研究平台，如 “药物信息及药物设计平台”、 “药物筛选及药理学平台”、“神经药理学及化学生物学平台”、“药物分析平台”、“药物合成平台”、“药物化学生物学平台”以及“药物制剂与制药工程研究平台”，面积超过3100平方米。此外，与学院共建的公共仪器平台拥有生物分子相互作用分析仪（Biacore T200）、活体动物多光谱成像系统、液相色谱质谱联用仪、等温滴定量热仪（ITC 200）等大型仪器设备，并建有药物筛选及准备室、细胞培养及操作室以及分子生物学实验室三个功能实验室。公共仪器平台已加入上海市研发公共服务平台，可提供全天24小时的预约测试服务。

实验室将瞄准国际生命科学发展的前沿领域以及药物研究的重要科学问题，发展药物研究新理论、新方法和新技术，推动多学科交叉融合；围绕严重危害我国人民生命与健康和国家安全的重大疾病，承担国家药物研究的重大任务，开展新药创制研究；积极培育高水平的药物研究人才，成为我国创新药物研究和高水平人才培养的重要基地；将实验室建设成为我国药物创新体系的重要组成部分，在我国药物科学研究领域发挥骨干和示范作用。