上海市新药设计重点实验室公共仪器平台位于实验十八楼二楼，为实验室与华东理工大学药学院共建。实验室拥有生物分子相互作用分析仪（Biacore T200）、活体动物多光谱成像系统、液相色谱质谱联用仪、等温滴定量热仪（ITC 200）等16台大型仪器设备，并建有药物筛选及准备室、细胞培养及操作室以及分子生物学实验室三个功能实验室。平台设备已加入上海市公共研发服务平台，现有平台负责人1名，另有责任教授7名，可提供全天24小时的预约测试服务。

平台年均仪器预约使用3000机时，为校内外科研人员提供了高效优质的测试服务，在国有资产合理配置和资源共享方面发挥了示范作用。在每年度上海市科技活动周期间，平台对外开放，进行科学技术普及和宣传，取得了良好效果，在2016和2017年科技周活动中均受到了全国科技周活动组委会的表彰与嘉奖。同时，作为重要的科研基地，在人才队伍建设、科研平台发展、学生培养等方面对药学学科的发展起到了重要的促进作用。